Geschäftsführung 
Mag. Matthias Pacher
Mag. Bernadette Schager (in Karenz) | Vertretung: Mag. Gabriele Langer

Wissenschaftliche Leitung
PD Dr. Martha Keil

Prokura
Mag. (FH) Katharina Zmeck 

Standortleitung & Veranstaltungsmanagement
Mag. Hanna Tomann

Marketing & Onlinemanagement
Mag. (FH) Roland Sandhofer
Julia Trimmel, MA
Christoph Hausner

Öffentlichkeitsarbeit & Kommunikation
Maren Sacherer, BA

Kassa & Shop
Dr. Katharina Schoeller I Leitung
Valentina Brullo
Anita Hermann
Marlies Eichmair, BA 

Besucher:innenservice & Kulturvermittlung
Mag. Anna Kieninger I Kulturvermittlung
Martina Deinbacher und Mag. Eliska Zahradnik I Information & Besucher:innenservice

Ausstellungs- & Publikationsmanagement
Mag. Heidrun-Ulrike Wenzel I Leitung
Ariadni Yfanti, MA (in Karenz)

Facility Management & Medientechnik
DI (FH) Georg Lendlmaier I Leitung
Ralf Eder, Andreas Giesswein, Andreas Kaisergruber, Eren Karabulut und  Reinhard Zuser | Betriebstechnik
Marjan Nedeljkovic | Medientechnik

Die Ehemalige Synagoge ist ein Tochterbetrieb der NÖ Museum Betriebs GmbH mit Hauptsitz in St. Pölten, Kulturbezirk 5, und wird von einigen Abteilungen mitbetreut.